Vendbanimet e para në territorin e Bashkortostanit modern datojnë nga periudha e hershme paleolitike, por epoka e bronzit nxiti një ngritje të popullsisë së këtij territori.[1] Kur njerëzit e kulturës Abashevo filluan të vendoseshin këtu ata kishin aftësi të larta në prodhimin e veglave të bronzit, armëve dhe dekorimeve. Ata ishin të parët që krijuan vendbanime të përhershme në Urale Jugore.

Pasi shteti mongol i hershëm feudal ishte prishur në shekullin e 14-të, territori i Bashkortostanit modern u nda midis Hanllëkeve të Kazanit dhe Siberisë dhe Hordi Nogai. Fiset që jetonin atje drejtoheshin nga bi (krerë fisesh). Pasi Kazani ra në duart e Ivanit të Tmerrshëm në 1554–1555, përfaqësuesit e fiseve Bashkir perëndimore dhe veriperëndimore iu afruan Carit me një kërkesë për t'u bashkuar vullnetarisht me Muskovi.

Duke filluar nga gjysma e dytë e shekullit të 16-të, territori i Bashkirisë filloi të merrte formë si pjesë e shtetit rus. Në vitin 1798 u krijua Asambleja Shpirtërore e Myslimanëve Rusë, një tregues që qeveria cariste njohu të drejtat e bashkirëve, tatarëve dhe kombeve të tjerë myslimanë për të deklaruar Islamin dhe për të kryer rituale fetare. Guvernatori i Ufës (guberniya), me një qendër në Ufa, u formua më 1865 - një hap tjetër drejt identifikimit territorial.

Pas Revolucionit rus të vitit 1917 ishin All-Bashkir Qoroltays (konventat) mbi të cilat vendoset nevoja për krijimin e një republike federale kombëtare brenda Rusisë. Si rezultat, Shuro rajonale të Bashkir shpall më 28 nëntor 1917 krijimin në zonat me një popullsi kryesisht bashkir të Orenburgut, Permit, Samarës, provincave të Ufas, autonominë territoriale dhe kombëtare.

Në dhjetor 1917, delegatët në Kongresin All-Bashkir (konstituiv), që përfaqësojnë interesat e skajit të popullsisë të të gjitha kombësive, votuan unanimisht për rezolutën (Farman # 2) të Shuro rajonale të Bashkir për shpalljen e autonomisë nacional-territoriale të Bashkurdistanit. Kongresi formoi qeverinë e Bashkurdistanit, para-parlamentin - Kese-Qoroltay dhe organe të tjerë të pushtetit dhe administratës, dhe u morën vendime se si të procedohej.

Në mars 1919, bazuar në marrëveshjet e qeverisë ruse me qeverinë bashkire u formua Republika Socialiste Sovjetike Autonome e Bashkirisë. Gjatë periudhës sovjetike, Bashkiria iu dha të drejta të gjera autonome - e para midis rajoneve të tjera ruse. Struktura administrative e Bashkirisë Sovjetike ishte e bazuar në parime të ngjashme me ato të republikave të tjera autonome të Rusisë.

Më 11 tetor 1990, sovjeti i Lartë i republikës miratoi deklaratën mbi sovranitetin shtetëror të Bashkirisë Sovjetike. Më 25 shkurt 1992, Bashkiria Sovjetike u riemërua Republika e Bashkortostanit.