В IX—X столітті башкири жили на території Південного Уралу між річками Волга, Кама, Тобол і верх, течією Яїку (Уралу). Башкири були кочовиками і займалися скотарством, полюванням, рибальством, бортництвом. Після завоювання татаро-монголами Башкирія ввійшла до складу Золотої Орди, а в 1-й половині XV століття була поділена між Казанським і Сибірським ханствами і Ногайською ордою.

Після завоювання московськими військами Казанського ханства (1552) основна частина башкирських племен 1554—1557 добровільно прийняла російське підданство. Під впливом російських селян-переселенців башкири починають займатись рільництвом і переходять від кочового до осілого життя. Башкири на чолі з Салаватом Юлаєвим, сподвижником Омеляна Пугачова, брали активну участь у селянській війні 1773—1775. З 1798 царський уряд поділив Башкирію на кантони (військові округи), сформувавши з населення нерегулярне військо для оборони кордонів. У 1865 кантонну систему управління ліквідовано й башкирів прирівняно до сільських жителів. У XVIII столітті і 1-й пол. XIX століття багато земель захопили російські поміщики й заводчики, а в пореформений період відбувається інтенсивне заселення Башкирії російськими переселенцями.

Ще у XVIII столітті в Башкирії виникла гірнича промисловість. У 1878 в Уфимській губернії було 200 промислових підприємств, в гірсько-лісових районах працювало 14 металургійних заводів, на яких переважали російські робітники (національний пролетаріат був незначний).

Після Лютневої Революції 1917 року в регіоні почався процес національного руху за створення національно-територіальної автономії. У липні-серпні 1917 року в Оренбурзі пройшли I і II Всебашкирські з'їзди (курултаї), де було ухвалено рішення про потребу створення «демократичної республіки на національно-територіальних засадах» у складі федеративної Росії. Вибране першим і переобране другим з'їздами Башкирське обласне (центральне) шуро (рада) працювало в Оренбурзі і готувалося до Засновницьких зборів Росії, які мали відбутися в січні 1918 року.

Жовтневий переворот вніс корективи до процесу становлення автономії. 16 листопада 1917 року Башкирське обласне шуро проголошує частини територій Оренбурзької, Пермської, Самарської, Уфимської губерній автономною частиною Російської республіки — територіально-національної автономії Башкурдістан. Останнє рішення затверджено на III Всебашкирському з'їзді (курултаї), який проходив 8—20 грудня 1917 року в Оренбурзі.

Поняття «Мала Башкирія» введено в січні 1918 року в ході розробки проєкту «Положення про автономію Малої Башкирії». До складу Малої Башкирії віднесені південна частина Красноуфимського, південна Осинського, південно-східна Єкатеринбурзького, південно-західна Шадринського (Пермська губернія), південно-західна Челябінського, західна Троїцького, Верхньоуральського, північно-західна Орського, північна Оренбурзького (Оренбурзька губернія), південно-західна Бірського, північно-східна частина Стерлітамацького повітів (Уфимська губернія), східна Бугурусланського (Самарська губернія). Оцінково: територія — 78 439 км², населення — 1219,9 тисяч осіб.

20 березня 1919 року підписано «Угоду центральної Радянської влади з Башкирським урядом про Радянську Автономну Башкирію». У пресі опубліковано 23 березня 1919 року, тому офіційною датою утворення республіки вважається цей день. Відповідно до «Угоди» утворено Автономну Башкирську Радянську Республіку (АРБР). Термін «Мала Башкирія» і далі застосовувався щодо АРБР.

До її складу увійшли 17 волостей Оренбурського повіту, 28 волостей Орського повіту, 12 волостей Верхньоуральського повіту, 6 волостей Троїцького повіту, 9 волостей Челябінського повіту, 1 волость Бузулуцького повіту Оренбурзької губернії, 8 волостей Шадринського повіту, 4 волості Єкатеринбурзького повіту, 6 волостей і 5 окремих сел з 3 волостей Красноуфимського повіту Пермської губернії, 14 волостей Златоустовського повіту, 4 волості і башкирські селища 2 волостей Уфимського повіту, 29 волостей Стерлітамацького повіту Уфимської губернії.

7 волостей і місто Златоуст Златоустовського повіту, 6 волостей Уфимського повіту, 4 волості Троїцького повіту, 10 волостей Стерлітамацького повіту, з раніше оголошених у складі Малої Башкирії, до складу АБРР могли бути віднесені тільки після проведення опитування населення.

Прийнята нова адміністративно-територіальна структура, що складалася з 13 кантонів: Джітаровський, Кипчацький, Усерганський, Бурзян-Тангауровський, Там'ян-Катайський, Аргаяшський, Яланський, Кущинський, Дуванський, Кудейський, Табінський, Юрматінський, Ток-Чуранський.

Згідно з «Угодою» місцезнаходження столиці Автономної Башкирської Радянської Республіки повинен був визначити з'їзд Рад, а до ухвалення остаточного рішення тимчасовою офіційною столицею було село Темясово Бурзянської волості Орського повіту (нині Баймацький район). У зв'язку з наступом Колчака керівництво Республіки було евакуйовано до Саранська, де знаходилося з кінця квітня по серпень 1919 року. 20 серпня 1919 року уряд повернувся в місто Стерлітамак, яке стало фактичною столицею Малої Башкирії, при цьому знаходячись на території Уфимської губернії. 20 серпня 1920 року місто Стерлітамак, в листопаді цього ж року 16 волостей Стерлітамацького повіту передаються до складу республіки.

14 червня 1922 р. декретом ВЦВК «Про розширення меж Автономної Башкирської Соціалістичної Радянської Республіки» Уфимська губернія була скасована. Уфимський, Бірський, Белебеєвський і Златоустовський повіти Уфимської губернії включені до складу Автономної Башкирської Соціалістичної Радянської Республіки. До складу Республіки також включені Тургаяцька, Сиростанська, Місська волості, місто Міас Міаського повіту Челябінської губернії. З Малої Башкирії в Челябінську губернію переданий Яланський кантон. Мензелінський повіт Уфимської губернії в 1920 році був включений до складу утвореної Автономної Татарської Соціалістичної Радянської Республіки.

Офіційною столицею Автономної Башкирської Соціалістичної Радянської Республіки стає місто Уфа. З юридичної точки зору Уфимська губернія як адміністративна одиниця припиняє своє існування, фактично відбувається злиття Башкирської Республіки і Уфимської губернії, з домінуванням в керівництві Великої Башкирії представників останньої.

До 1930 року існувала волосно-кантональна система. З 20 серпня 1930 року введена районна система адміністративно-територіального поділу. У травні 1952 року Башкирська АРСР була розділена на Уфимську і Стерлітамацьку області. У квітні наступного року це рішення було відкликано і обласний поділ у Башкирській АРСР скасовано.

З 31 березня 1992 року  Республіка Башкортостан у складі Російської Федерації.

З 21 вересня 2022 року — почав формуватися збройний опір, у якому станом на 19 жовтня 2022 лічилося 2 700 осіб[1]. 3 жовтня партизани підпалили офіс партії КПРФ у Салаваті. 8 жовтня у районному центрі Архангельського району у 65 кілометрах від Уфи підпалили військомат. Активісти вимагають незалежність республіки.[2]