Eind 18e eeuw was er een oorlog tussen Sikkim en het Koninkrijk Gorkha. In 1791 zond de Mantsjoe monarchie troepen om Tibet te verdedigen en Sikkim te hulp te schieten. Hierna werd Sikkim onderdeel van het Chinese tribuutsysteem.

Sikkim was een onafhankelijke staat die door de Chögyal-monarchie werd geregeerd tot 1975, toen een referendum om het tot de tweeëntwintigste staat van India te maken werd aangenomen.

Hoewel Sikkim in 1975 opgenomen werd in de Indiase staat, zag de overheid van Volksrepubliek China het gebied nog lange tijd als een onafhankelijk koninkrijk. In 2003 werd officieel diplomatiek bevestigd dat Sikkim een Indiase deelstaat is en voor de tweede keer dat Tibet een Autonome Regio van de Volksrepubliek is (de eerste bevestiging was in 1953). Tegenwoordig worden veel landkaarten in de Volksrepubliek nog steeds gedrukt waarbij je een landsgrens ziet tussen Sikkim en India, de Volksrepubliek China, Bhutan en Nepal. Op 6 juli 2006 werd bij de Himalayabergpas een handelspost opgericht in het grensgebied.

Op 18 september 2011 werd Sikkim getroffen door een aardbeving met de grootte van 6.9 Mw. Er vonden minstens honderdzestien mensen de dood in Sikkim, Nepal, Bhutan, Bangladesh en de Tibetaanse Autonome Regio. Hiervan waren zestig mensen Sikkims. De stad Gangtok heeft door de aardbeving grote schade ondervonden.