Οι Πορτογάλοι έφτασαν για πρώτη φορά στον Κόλπο των Αγίων Πάντων (Baía de Todos os Santos) το 1500, όταν και του έδωσαν αυτό το όνομα. Το 1501, ένα χρόνο μετά την άφιξη του στόλου Πέδρο Άλβαρες Καμπράλ στο Πόρτο Σεγούρο, ο Γκασπάρ ντε Λέμος έφτασε στον κόλπο των Αγίων Πάντων και έπλευσε στις ακτές της Μπαΐα. Όμως ο πρώτος Ευρωπαΐος που αποβιβάστηκε στο Μόρο ντε Σάο Πάουλο ήταν ο Μάρτιμ Αλφόνο σε Σούσα το 1531, οδηγώντας μια αποστολή εξερεύνησης της ακτής της νέας ηπείρου.[1]

Το 1549, ένας στόλος των πορτογαλικών αποίκων με επικεφαλής τον Τομέ ντε Σούσα, πρώτο Κυβερνήτη-στρατηγό της Βραζιλίας, δημιούργησε το Σαλβαδόρ. Χτισμένο πάνω σε ένα ψηλό βράχο με θέα στον κόλπο των Αγίων Πάντων ως η πρώτη αποικιακή πρωτεύουσα της αποικιακής της Βραζιλίας, έγινε γρήγορα κεντρικό λιμάνι και ένα σημαντικό κέντρο της βιομηχανίας ζάχαρης και του δουλεμπόριου.[2]

Η γενική αποτυχία του συστήματος των αρχηγείων ώθησε το πορτογαλικό στέμμα (στο πρόσωπο του Ντομ Ζοάο Γ΄) στη δημιουργία μίας κυβέρνησης της Βραζιλίας με αρχηγό τον Τομέ ντε Σούσα. Ο ντε Σούσα έφτασε στην Μπαΐα στις 29 Μαρτίου 1549 και πήγε να εργαστεί στην κατασκευής μιας πρωτεύουσας για τη Βραζιλία και ένα μέρος για να ζήσει (ή για να ζει και διοικεί ο στρατηγός-κυβερνήτης). Το πιο πρόσφατο κτίριο του παλατιού του, που σήμερα ονομάζεται Παλάσιο Ρίο Μπάνκο, βρίσκεται σε μια επιβλητική τοποθεσία με θέα στον κόλπο, στην ίδια πλατεία με τον ανελκυστήρα Λασέρδα που ενώνει την άνω με την κάτω πόλη. Το νεοκλασικό παλάτι είναι ανοικτό για το κοινό.[3]

To Σαλβαδόρ, ωστόσο, επηρεάστηκε κυρίως από τον Καθολικισμό. Έγινε η έδρα της πρώτης καθολικής επισκοπής της Βραζιλίας το 1552[4], και εξακολουθεί να είναι ένα κέντρο του καθολικού χριστιανισμού της Βραζιλίας.

Το Σαλβαδόρ ήταν χωρισμένο σε άνω και κάτω πόλη, με το ανώτερο να είναι το διοικητικό και θρησκευτικό τομέα και το μέρος όπου η πλειοψηφία του πληθυσμού ζούσε. Η κάτω πόλη ήταν το οικονομικό κέντρο, με το λιμάνι και την αγορά. Στα τέλη του 19ου αιώνα, τελεφερίκ και ένας ανελκυστήρας, το Elevador Lacerda, χτίστηκαν για να συνδέουν τις δύο περιοχές.[5]

Το Σαλβαδόρ ήταν η πρωτεύουσα της πορτογαλικής αντιβασιλείας του Γκράο-Παρά και της επαρχίας της Μπαΐα ντε Τόντος ος Σάντος. Ο Ολλανδός ναύαρχος Πιτ Χάιν (Piet Hein) της Δυτικής Εταιρείας Ινδιών κατέλαβε και λεηλάτησε την πόλη Μάιο του 1624, και την κράτησε μαζί με άλλα λιμάνια στα βόρεια ανατολικά έως ότου ανακαταλήφθηκε από ένα ισπανικό-πορτογαλικό στόλο τον Μάιο του 1625. Στη συνέχεια έπαιξε ένα στρατηγικά σημαντικό ρόλο στην η Πορτογαλική-Βραζιλιάνικη αντίσταση ενάντια στους Ολλανδούς.

 

Το Σαλβαδόρ ήταν η πρώτη πρωτεύουσα της Βραζιλίας και παρέμεινε έτσι μέχρι το 1763, όταν το διαδέχθηκε το Ρίο ντε Τζανέιρο. Στη συνέχεια, η πόλη βίωσε μια αργή παρακμή, μακριά από τον κύριο κορμό της βιομηχανοποιήσης της Βραζιλίας. Παρέμεινε, ωστόσο, ένα εθνικό πολιτιστικό και τουριστικό κέντρο. Μέχρι το 1948 η πόλη είχε περίπου 340.000 άνθρωποι, και τότε ήταν η τέταρτη μεγαλύτερη πόλη της Βραζιλίας. Μετά τα μέσα του 20ού αιώνα αναπτύχθηκε η βιομηχανία αναπτύχθηκε στην περιοχή με αποτέλεσμα μεγάλη αύξηση του πληθυσμού της πόλης. Το 2010 ο δήμος είχε 2.676.606 κατοίκους, το τρίτο μεγαλύτερο πληθυσμό στη Βραζιλία.