사우바도르는 브라질에서 가장 오래된 도시 중 하나로, 1501년 모든 성인의 날에 포르투갈인들이 들어왔다. 이어 1549년 포르투갈 식민지의 첫 번째 수도로 건설되었다. 천연의 양항(良港)이므로 여러 세력들의 약탈대상이 되어 1642년에는 네덜란드 군대에 잠시 점령당하기도 하였다. 그러나 포르투갈은 이를 잘 지켜내었고, 포르투갈 식민지의 중심지로서 사탕수수 수출과 아프리카 노예 무역으로 크게 번창하였다. 그러나 브라질 남부에서 금이 발견되는 등 광업이 발전하고, 커피재배가 성행하는 등 경제의 중심이 남부로 이동하게 되고, 1763년 식민지의 수도도 리우데자네이루로 옮겨가게 되고, 사탕수수 재배는 카리브해 일대로 그 중심이 이전해 갔고, 노예무역도 금지되면서 크게 쇠퇴하기 시작하였다. 그러나 20세기에 들어와서 브라질 동북부의 중심지로서 번영을 되찾게 되었다.