Бухта Всех Святых, на берегах которой расположен город, была впервые посещена белыми в 1500 году (экспедиция под командованием Педру Кабрала, положившая начало освоению португальцами Южной Америки). На следующий год картографирование бухты произвёл другой португальский исследователь — Гашпар де Лемуш. Тем не менее, первую высадку на берег португальцы произвели лишь три десятилетия спустя (1531 год, экспедиция Мартина Афонсу ди Соузы).

Город основан 29 марта 1549 года португальскими поселенцами под командованием Томе ди Соуза, первого назначенного королём губернатора колониальной Бразилии, и был провозглашён столицей португальских владений в Южной Америке. В 1552 году в Салвадоре был основан первый португальский католический диоцез по ту сторону Атлантического океана (Салвадор и поныне является столицей бразильского католицизма). Наличие удобного порта и благоприятные условия для выращивания сахарного тростника в окрестностях быстро сделали город центром экономической активности обширного региона на северо-востоке континента. Основой экономики Салвадора была морская торговля (экспорт сахара и импорт рабов).

Процветание города привлекло внимание соперничающих с Португалией держав, и в мае 1624 года Салвадор был захвачен голландцами под командованием адмирала Пита Хайна. В мае 1625 года объединённые силы португальцев и испанцев отбили город обратно. В дальнейшем Салвадор служил основной базой для португальцев в борьбе с Голландской Бразилией.

Состоявшийся в 1763 году перенос столицы Бразилии в Рио-де-Жанейро серьёзно замедлил развитие Салвадора, погрузив его в стагнацию на следующие 150 лет. Процесс индустриализации страны тоже в значительной мере прошёл мимо города. Лишь в начале 1990-х годов в Салвадоре были развёрнуты многочисленные проекты по приведению в порядок исторического центра и привлечению туристов.