세이셸이 최초로 발견된 것은 오스트로네시아인 항해자 혹은 아랍인 상인들로 추정되지만, 기록상 최초의 발견은 1502년 포르투갈인 탐험가 바스쿠 다 가마 일행에 의한 것이며, 섬에 최초로 상륙한 것은 1609년 영국 동인도 회사 함선이었던 Ascension의 선원들이다. 프랑스가 1756년에 재정 장관이었던 장 모로 드 세셸(Jean Moreau de Sechelles)의 이름을 빌려 군도를 명명하고 통치를 시작하기 전까지, 아프리카와 아시아 간 무역의 통과점으로 해적들이 사용하곤 했다.

1794년부터 1811년까지 영국과 프랑스는 통치권을 두고 경쟁을 벌였으며 1814년에 결국 영국에게 할양되었다. 1903년에는 모리셔스에서 분리된 직할 식민지가 되었으며 1976년에 독립하여 영연방 소속 공화국이 되었다. 헌법에서 1979년부터 1992년까지 사회주의 일당 통치 국가로 선언했었다.