Najwcześniejsze ślady człowieka w Jakucji pochodzą z wczesnego paleolitu. Pod wieloma względami Jakuci różnią się od sąsiednich mieszkańców Syberii. Ich język należy do ałtajskiej rodziny, zaliczanej do języków północnotureckich. Co więcej, Jakuci byli początkowo hodowcami, podczas gdy ich sąsiedzi zajmowali się łowiectwem i rybołówstwem. Z tych powodów, tradycyjna teoria o pochodzeniu Jakutów mówi, iż przybyli znad jeziora Bajkał w X–XIII wieku. Mieli się składać z tureckich stepowych plemion z gór Ałtaj oraz tubylczych syberyjskich ludów, zwłaszcza Ewenów i Ewenków. Ostatnio rosyjscy badacze, jak Okladnikow i Tukarew, stwierdzili, że mimo niemożności wykluczenia południowych elementów rasowe i językowe dowody wskazują, że Jakuci to rdzenny lud obszaru środkowej Leny.

W latach dwudziestych XVII wieku Jakucja została zaanektowana przez Rosję i przez cały XVIII w. region służył jako baza tranzytowa i główna trasa prowadząca do zajmowanych ziem syberyjskich. Rosja nałożyła na Jakutów jasak (daninę w naturze, najczęściej w postaci futer) i wysłała tam liczne wojska, które musiały tłumić kolejne powstania. Te walki oraz liczne choroby przynoszone przez Rosjan doprowadziły do znacznego uszczuplenia populacji Jakutów. Wielu uciekło, migrując dalej na wschód. Rosyjscy osadnicy zaczęli osiedlać się na ziemiach Jakutów w drugiej części XVIII w., gdy Katarzyna II Wielka zajmowała kolejne wschodnie tereny (Kamczatkę, Półwysep Czukocki, Aleuty, Alaskę). Mimo to przez długi czas Rosjanie nie stanowili dużego odsetka miejscowej populacji. W XIX w. Jakucja stała się miejscem karnego zesłania i zaczęli się tam pojawiać polityczni zesłańcy (również Polacy), którzy pozostawili po sobie opisy ludu. Jednym z pierwszych autorów, który pisał o Jakutach, był wzięty do niewoli przez Rosjan w 1707 roku polski wojskowy Ludwik Sienicki[1]. Istotne relacje etnograficzne dotyczące Jakutów i ich wierzeń[2] zawierają dzieła Wacława Sieroszewskiego, przede wszystkim Dwanaście lat w kraju Jakutów. Ponadto Edward Piekarski opracował słownik języka jakuckiego[3], zaś Feliks Kon prowadził wśród Jakutów badania etnograficzne.

Innymi wydarzeniami, które odmieniły życie mieszkańców, były: ustanowienie łączności pocztowej, odkrycie złóż złota, konstrukcja Kolei Transsyberyjskiej oraz rozwój handlu rzecznego na rzece Lenie (która, choć przez pół roku zamarznięta, jest po dziś dzień najpewniejszą linią komunikacyjną w kraju). W Jakucji aktywnie działali prawosławni misjonarze i na początku XIX w. wszyscy mieszkańcy zostali zarejestrowani jako prawosławni, choć nie doprowadziło to do zaniku religijnych praktyk ludowych.

Wraz z ustanowieniem władzy radzieckiej, w 1919 roku Jakuci otrzymali autonomię – w ramach Rosyjskiej utworzona została Jakucka Autonomiczna Socjalistyczna Republika Radziecka. Podzielona ona była na mniejsze obwody zamieszkiwane przez Ewenów, Ewenków i Jukagirów. Jakuci byli najliczniejszą grupą etniczną w regionie i asymilowali wiele sąsiadujących grup, a nawet etnicznych Rosjan (Jakutjanie – Rosjanie, którzy przyjęli jakuckie zwyczaje, Kołymczanie – Rosjanie, którzy przyjęli zwyczaje i język). Populacja Jakutów w 1926 r. wynosiła 235 tys. i była bardzo nierównomiernie rozmieszczona. Dziewięćdziesiąt procent populacji żyło w centralnych regionach – dawnych okręgach Jakuck i Wilujsk. Trzecia grupa – z regionu Olekminska – była względnie zrusyfikowana. Jakuci cieszyli się względną swobodą do 1928 roku, kiedy to Stalin zaczął wdrażać ideę kolektywizacji. Dziesiątki tysięcy Jakutów zginęły i dopiero w latach sześćdziesiątych ich populacja osiągnęła stan sprzed kolektywizacji. W 1991 roku Jakucja proklamowała swą niepodległość jako Republika Jakucka, co jednak nie pociągnęło za sobą żadnych praktycznych skutków – kraj pozostał autonomiczną republiką rosyjską.