Beşinci yüzyıl ile yedinci yüzyıl arasında, Kuzey Afrika'dan Berberi kabilelerin göç etmesiyle bugünkü Moritanya'nın asil sakinleri ve Soninkelerin ataları olan Bafourlar yerlerinden oldu. Bafourlar asıl olarak tarımla uğraşıyorlardı ve Sahra halkları içinde geleneksel göçebe yaşamı terkeden ilk halk da onlardır. Sahra yavaş yavaş kurumaya devam ederken güneye yöneldiler. Bafourları Sahra'nın orta kesimlerinde yaşayanlar izledi. Batı Afrika'ya göç ettiler, ancak 1076'da İslamı yaymayı kendilerine amaç edinmiş savaşçı Murabıtlar hücuma geçerek dönemin Gana İmparatorluğu'nu ele geçirdiler. Sonraki 500 yıl boyunca Araplar yerel halkın (Berberi ve diğerleri) direnişini bastırarak Moritanya'ya hakim oldular.

Moritanya'da 1644-1674 yılları arasındaki savaşlarda Beni Hasan aşiretinin (Hassaniler) öncülüğündeki Yemenli Arapları bölgeden çıkarma girişimleri başarısızlıkla sonuçlandı. Beni Hasan aşiretinin soyundan gelenler, yani Hassaniler, buradaki Mağrib toplumunun bir anlamda üst sınıfını oluşturdular. Günümüzde ülkedeki birçok Berberi kavim Yemen soyundan geldiklerini iddia etse de buna pek az kanıt bulunabilmiştir.

Fransızlar, 1800'lerin sonlarından itibaren bölgeyi, bugünkü Moritanya topraklarını kolonisi haline getirdi. Moritanya 1920'den itibaren sekiz eyaletten oluşan Fransız Batı Afrikası'nın bir eyaleti oldu. Moritanya'nın 1960 yılında bağımsızlığını elde etmesiyle başkent Nuakşot kuruldu.

Bağımsızlıkla beraber siyah Afrikalı kavimler (Haalpulaar, Soninke ve Wolof), kalabalık gruplar halinde ülkelerine döndüler. Fransızca eğitim öğretimden geçmiş bu kavimler yeni devlet yönetiminde söz sahibi oldular, orduda yer aldılar. Bir yandan Fransızlar, güneydeki en uzlaşmaz kavimlerden biri olarak görülen Hassanileri bastırma faaliyetlerinde bulunurken bir yandan da iktidar dengeleri değişti, bu durum güneyde yaşayanlarla Mağrib halk arasında yeni bir anlaşmazlığa temel oluşturdu. Geçmişte köle olan ama Araplaştırılmış ve Mağrib toplumu içinde alt sınıfta kabul edilen Haratinler yer alıyordu. Mağribler arasında Moritanya'yı bir Arap ülkesi olarak görenlerle bölgenin Mağrip kökenli olmayan asıl sakinlerinin baskın bir rol üstlenmesini isteyenler ayrıştı.

Etnik anlaşmazlıklar 1989'da yaşanan iç çatışmalarla doruk noktaya ulaşsa da o zamandan bu yana yatışmış görünüyor. Etnik gerginlikler ve hassas bir konu olan kölelik, geçmişte olduğu kadar hala siyasi tartışmaların merkezinde yer alıyor. Moritanya'da birçok grup ülkeyi daha çoğulcu ve çeşitliliğe önem veren bir yer haline getirme yolunda çabalarını sürdürüyor. 5 Ağustos 2008 yılında askerî darbe yaşanmıştır.